Obsah

• Přehled softwaru
• Podporované typy souborů
• Primární přípona souboru
• Další přípony souborů používané programem Integrated Genome Browser 9

Verze (od 29.6.2016)	9
Platformy
Licence	Open Source
Kategorie	Vědecký

Další informace (navštivte webové stránky vydavatele)

Hodnocení: 2.8 / 5 (6 Hlasů)

Přehled softwaru

Hlavní rysy

• Podporuje různé formáty genomu jako GenBank a FASTA
• Interakce s daty s animacemi přiblížení a posouvání
• Přístup a načítání genomů ze stránek QuickLoad
• Transformujte data do různých grafových forem
• Sdílejte data se spolupracovníky prostřednictvím služby Dropbox
• Nainstalujte pluginy pro další funkce

Integrovaný prohlížeč Genome (IGB) je open source program, který se používá k prohlížení a prohlížení velkých souborů genomových dat. Můžete zobrazit různé formáty dat, pracovat s daty, vytvářet grafy, ukládat informace jako obrázky a sdílet data se spolupracovníky.

IGB umožňuje zobrazit data z anotací a zarovnaných sekvencí. Program podporuje různé formáty, jako jsou FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband a GenBank. Můžete si vzít data a transformovat je do různých grafových formulářů včetně grafů nesouladu pro zvýraznění rozdílů dat a hloubkových grafů pro zobrazení pokrytí. Můžete také komunikovat s daty pomocí animací zoomování a posouvání pomocí IGB.

IGB umožňuje přístup a načítání genomů ze stránek QuickLoad, což jsou jednoduché systémy adresářů, sekvencí a dalších datových souborů pro účely vizualizace. IGB poskytuje pokročilé funkce s podporou pluginu pro přidávání funkcí a automatizace pracovních postupů pomocí skriptů. IGB také poskytuje pokročilé funkce pro sdílení vašich dat, ať už je to publikování jako vysoce kvalitní obraz ve formátu JPEG, PNG nebo SVG nebo ukládání dat v aplikaci Dropbox, což umožní vašim spolupracovníkům přístup k vašemu projektu.

IGB je primárně používán univerzitními vědci, biology a bioinformatiky. Poskytuje pokročilé nástroje pro otevírání různých formátů genomových dat, vizualizaci dat jako různých grafů a sdílení dat se spolupracovníky. Program se bohužel opírá o granty pro další rozvoj, což znamená, že podpora pro aplikaci by mohla kdykoli skončit. Integrovaný prohlížeč Genome je však stále schopný, přizpůsobitelný program pro uživatele, kteří chtějí prozkoumat a analyzovat svá data genomu.

Podporované typy souborů

Primární přípona souboru

.XML - Soubor XML

Další přípony souborů používané programem Integrated Genome Browser 9

Podporované typy souborů
.LŮŽKO	UCSC BED Anotace Track File
.DAS	Analýza relace DeltaMaster
.FA	FASTA Formátovaný sekvenční soubor
.FAS	Soubor sekvencí FASTA
.FASTA	Soubor sekvencí FASTA
.GB	Datový soubor GenBank
.SGR	Datový soubor genů SGR
.USEQ	USeq Genome Data File